Filtrační systém Podlahový vysavač hraje rozhodující roli v prevenci sekundárního znečištění.
Vysoce kvalitní filtrační systém Floor Vacuum Cleaner využívá více filtračních technologií. Běžné jsou primární filtrace, což je obecně filtr nebo filtrační vata, která dokáže odfiltrovat velké částice prachu a nečistot, jako jsou vlasy, nečistoty atd. Toto je první obranná linie proti sekundárnímu znečištění. Například primární filtr některých vysavačů dokáže účinně zachycovat větší částice viditelné pouhým okem, čímž snižuje zátěž následných filtračních spojů.
Další je vysoce účinná filtrační vrstva, jako je HEPA. Dokáže přesně filtrovat drobné prachové částice a účinnost filtrace pro částice o velikosti 0,3 mikronu a více může být až 99,97 % nebo dokonce vyšší. To znamená, že téměř veškerý škodlivý prach nasátý do vysavače může být zachycen a nebude znovu vypuštěn do ovzduší, čímž se zabrání znečištění vnitřního vzduchu a poškození dýchacích cest člověka.
Některé vysavače také používají filtrační vrstvy s aktivním uhlím, které mohou absorbovat pachy a škodlivé molekuly plynů, jako je formaldehyd a benzen. Zejména při čištění chlupů domácích mazlíčků, vlhkého prostředí nebo prostor se zápachem dokáže vrstva filtru s aktivním uhlím účinně odstraňovat pachy, činit odsávaný vzduch svěžejším, dále zlepšovat čisticí účinek a zamezit sekundárnímu znečištění způsobenému pachy a škodlivými plyny.
Kromě toho má filtrační systém některých špičkových podlahových vysavačů také samočistící funkci. Během provozu vysavače je prach na filtrační síti včas čištěn zpětným prouděním vzduchu nebo vibracemi, přičemž je zachována propustnost a filtrační účinnost filtrační sítě a nedochází k poklesu sání a sekundárního znečištění způsobeného ucpáním filtru. Například některé vysavače s technologií cyklónové separace dokážou během procesu filtrace oddělit prach z filtrační sítě silnou odstředivou silou a vhodit jej do kbelíku na sběr prachu, čímž zajistí, že filtrační systém bude vždy udržovat dobrý provozní stav.