Moderní filtrační systém podlahový vysavač obvykle přijímá vícevrstvý design struktury. První je primární filtrační vrstva, která je zodpovědná hlavně za zachycování větších částic prachu, vlasů a nečistot. Je to jako pevná obranná linie, která zabraňuje vniknutí velkých částic nečistot přímo do následného filtračního procesu, zabraňuje poškození choulostivějších komponent filtrace a také předběžně filtruje některé škodliviny ve vzduchu, aby se snížil tlak následné filtrace.
Následuje středně účinná filtrační vrstva, která má vyšší přesnost filtrace než primární filtrační vrstva. Dokáže zachytit některé menší částice prachu a některé alergeny, jako jsou pyl, roztoči a další drobné látky. Středně účinná filtrační vrstva využívá speciální vláknité materiály. Tato vlákna jsou propletena, aby vytvořila jemnou filtrační strukturu. Prachové částice budou při průchodu vlákny adsorbovány nebo zachyceny, čímž účinně čistí vzduch, snižuje obsah vdechovatelných částic ve vzduchu a chrání zdraví dýchacích cest uživatele.
Vysoce účinná filtrační vrstva je základní součástí celého filtračního systému. Běžné vysoce účinné filtry, jako jsou HEPA filtry, dokážou odfiltrovat extrémně malé částice, včetně bakterií, virů a některých škodlivých chemických částic. HEPA filtr má velmi vysokou účinnost filtrace a dokáže odstranit více než 99,97 % drobných částic ve vzduchu. Princip spočívá v tom, že díky složité struktuře vláken a elektrostatické adsorpci se drobné částečky při průchodu pevně adsorbují na povrchu filtračního vlákna a nemohou uniknout do vzduchu. Vzduch vypouštěný z vysavače tak výrazně snižuje obsah škodlivin a stává se svěžím a čistým.
Aby byla zajištěna trvalá účinnost filtračního systému, jsou některé vysavače vybaveny také automatickým čištěním nebo připomínkou výměny filtru. Během provozu vysavače se bude na filtru postupně hromadit prach. Pokud nebude včas vyčištěn nebo vyměněn, sníží se účinnost filtrace, nelze zaručit čerstvost vzduchu a dokonce může dojít k oslabení sání vysavače. Funkce automatického čištění může setřást část prachu adsorbovaného na filtru zpětným prouděním vzduchu nebo vibracemi, čímž se prodlouží životnost filtru; a funkce připomenutí výměny filtru může okamžitě informovat uživatele o stavu použití filtru, takže uživatel může vyměnit nový filtr ve správný čas, aby byl zachován dobrý výkon filtračního systému.
Kromě toho má těsnící konstrukce vysavače velký význam pro záruku svěžesti vzduchu. Dobrá těsnící struktura může zabránit úniku nefiltrovaného vzduchu a zajistit, že veškerý vdechovaný vzduch projde kompletním procesem filtrace, čímž se zabrání neúplnému čištění a problémům se znečištěním vzduchu způsobeným únikem vzduchu.